增值税专用发票的认证流程包括以下步骤：

　　1.前期准备：购置和安装防伪税控系统，将金税卡插入税控装置中。安装航天信息里的开票卫士，把买来的发票读入到开票系统里。

　　2.电脑联网，扫描仪正常连接运行。打开相关“网上认证程序”，找到相关“网上认证采集模块”，执行“发票扫描录入”，将需要认证的增值税专用发票抵扣联，逐一放置扫描仪中扫描采集。

　　3.每批次扫描采集完后，执行程序界面上的“保存”，通过“网上认证程序”中“信息发送”按钮发送上传到国税机关，待反馈信息，及时获取成功信息后，则通过认证；如果不符，需要仔细校对再执行上述步骤（也可通过手工录入校正）。至此，“网上认证”完成。

　　另外，增值税专用发票也可以通过税务大厅窗口进行人工认证，或者通过自助办税终端进行扫描认证。其中，网上平台勾选认证流程较为复杂，具体步骤如下：

　　1.登录：纳税人使用可以连接互联网的电脑，在USB接口插入金税盘或者税控盘，登录增值税发票选择确认平台。

　　2.确认完善信息，设定平台密码。确认和填写企业的基本信息，并选择是否设置平台密码及找回问题。

　　3.通过“发票勾选”或其他相应功能，勾选需要认证的发票，并保存。

　　4.确认勾选信息，点击确定。

　　5.在跳出来的界面中继续点击“确认”。

　　6.来到“确认勾选”的界面，点击查询。

　　7.这时候会跳出刚才勾选的发票，然后点击下方的“确认”。

　　8.在发票确认汇总中点击“提交”。

　　9.点击“确定”。

　　10.在跳出来的发票勾选成功的界面，继续点击“确定”。

　　至此，发票就算是认证了，可以导出认证明细，也可以将其打印出来。

　　请注意，以上步骤可能因具体的税务系统或平台版本而有所不同。在进行操作时，请参照当地税务局的具体要求和指导，以确保操作的准确性和合规性。